偵測微生物環境系統中微生物

要在混合的菌相中分析有何種菌在系統中可以分成三種方法：一、優勢菌群的監測；二、總菌群的分析；三、菌株分離純化。
第一種方法可以用分子生物學的方法很快地掌握其數量，如 RT-PCR。唯此方法需要先掌握目標菌群的種類，在了解其基因序列後就可以從樣本萃取 RNA 來鑑定。
第二種方法則是以總菌群的DNA組成來辨識，以分析高度保留性的 16S rRNA 基因序列來辨識菌株種類，因為需要用到定序，所以時間較第一種方法長。
第三種方法則是直接嘗試分離菌株，並塗盤純化。此方法可以得到一些具有特定功能的菌群，適合用於篩選益生菌。但由於需要培養才能分離，一些在原始菌群中含量很少或生長緩慢的菌株就容易因為培養的競爭抑制而無法生長，導致無法被純化分析。在這些方法之中 16S rRNA 基因定序是最廣為使用的技術，主要是由於不用特地培養樣本菌群，可縮短分析時間，且可輕易分析具有不常見表徵的細菌，在臨床檢驗上更可以做為抗生素使用的參考依據。而本實驗室經由第三種方法分離純化的 Burkholderia cenocepacia 869T2、Achromobacter xylosoxidans F3B3、Photobacterium halotolerans MELD12，皆具有提升植物生長的能力，可應用於農業菌劑開發。